东南大学生物工程研究生院成立于2005年，是东南大学生命科学与医药学部的重要组成部分。学院立足于生物工程及相关交叉领域，以提高生物工程研究和人才培养水平为目标，致力于打造高水平、国际化的研究生教育和创新型科研中心。
学院拥有一支高水平、拥有国际化视野的师资团队，当中包括4人国家杰出青年基金获得者、1人教育部长江学者特聘教授、1人国家“万人***”特聘教授、多名国家重点学科学术带头人和教育部“长江学者和创新团队发展***”入选人员，以及一批在国内外高水平期刊上发表高质量学术论文的中青年科学家。
学院的研究方向主要涵盖生物技术、微生物科学、发酵工程、食品科学与工程等领域，在细胞工程、基因工程、生物制药、生物材料等课题上有所突破。学院与国内外知名高校和研究机构建立了紧密的合作关系，积极发掘交叉学科学科创新点，提高研究成果的产业化和社会化水平。
学院设有生物化工、食品科学与工程、微生物学三个学科点，拥有沈阳生物化工研究所、江苏省发酵工程重点实验室、江苏省微生物***开发重点实验室、南京市食品检验检测重点实验室、南京市生物科技研究开发中心等5个基地。学院开设的研究生课程包括生物工程、微生物学、分子生物学、生物技术、发酵工程等多个专业方向，旨在培养具备高水平科研和创新能力、掌握前沿生物技术和德、智、体全面发展的生物工程领域的高端人才。
学院的科学研究成果在国内外学术期刊上发表，也得到了国内外同行的高度评价和广泛关注。学院的科研成果也广泛应用于医疗、食品、农业、环保、清洁能源等领域。针对当前全球性的粮食安全问题、固体废弃物和环境污染等问题，学院积极探索为人类和社会经济发展做出积极贡献的科技创新路径。
未来，东南大学生物工程研究生院将继续积极探索和开拓创新性的研究方向，提升学术能力和学术水平，培养出更多高水平的生物工程领域人才。学院将致力于推进科技成果的产业化，并强化学术成果转化的力度，推动研究成果从学术领域向实际应用领域转化，为经济和社会发展做出积极贡献。
