本科：
政治经济学部、文学部、文学构想教育部、法学部、商学部、社会科学部、教育学部、基干理工学部、创造理工学部、先进理工学部、人类科学部、国际教养学部、体育科学部。
研究生：
政治学研究科、经济学研究科、法学研究科、法务研究科、文学研究科、教育学研究科、商学研究科、财务金融研究科、会计研究科、基干理工学研究科、先进理工学研究科、创造理工学研究科、情报生产系统研究科、环境能源研究科、社会科学研究科、人类科学研究科、体育科学研究科、亚洲太平洋研究科、国际资讯通信研究科。
没有医学专业。
庆应义塾大学和早稻田大学是日本的两所顶级私立大学，合称为私立双雄，看录取情况来言庆应义塾大学的理科偏难，早稻田大学的文科偏难，平均偏差值庆应义塾大学略高，难度要高一些。
庆应义塾大学和早稻田大学都属于私利学校并称为日本私学双雄，所以你要考虑留学费用问题。我推荐你去早稻田大学，主要理由是胡哥的演讲和早稻田大学具有的核心竞争力。并且毕业后的文凭早稻田大学具有绝对含金量，即便你选择了一个冷门专业。但是我希望你选择一个自己喜欢的语言然后再选择专业。因为两所大学都是宽进严出政策，所有的外国留学生留学日本之前应该都要通过语言考试，并且各国留学生竞争力强度很大，所以如果你不感兴趣的话，最好不要去这两所学校。
题目给出的五所大学中，笔者对早稻田大学和复旦大学有些了解，其他大学则不够熟悉。
如果以早稻田大学和复旦大学相比，前者的办学历史比后者长十多年，前者一直是私立大学，后者有二十多年是私立大学，然后一直公办至今，前者办学机制比较灵活，就前者校友和后者相比，前者的校友有日本首相有七八个，后者的校友级别没有那么高，前者校友还有中国***和中国***的元老级人物，后者则没有这种情况。
两校由于都是日本和中国前三甲的名校，日本和中国的现代化程度上有差別，只不过近十多年的差别比以前大大缩小了。在三十年前，两校的办学水平相比还是很大的。早稻田大学在世界上第一个双足智能机器人的制作者，该校还有一些高水平的实验室，这种实验室都是发达国家私立大学引以为傲的根据。
谢邀，不知道为何要特意找一些日本有名的大学和中国的名牌大学相对比，笔者认为中国与日本的教育体系本身就是不一样的，可以说没有特殊的比较意义。但既然问题已经出了，笔者就以客观的角度强做一下对比。
以下资料来自网络：
日本的3所大学：
早稻田大学创建于1882年，简称早大，是本部设在日本东京都新宿区的私立大学。学校以“学术的独立，学术的活用、造就模范国民”为校训，与庆应大并称“日本私立双雄”。大学本科有：政治经济学、法学、文学、文化构想、商学、教育、社会科学，基干理工，先进理工，创造理工，人间科学，运动科学，国际教养，共13个学部。
一桥大学：一桥大学是位于日本东京都国立市的一所国立大学，日本国内的旧制三大商科大学之一（一桥大学是最早成立的），为日本顶尖国立大学“旧帝一工神”的一员。其前身是1875年创设之商法讲习所，1920年升格成东京商科大学，1949年更改为现在的校名，2004年改为国立大学法人。
庆应大学：庆应义塾大学，亦称庆应大学，简称庆大，是日本久负盛名的世界顶尖大学，有***私立学府之称，与早稻田大学并称私立双雄。创立于1858年的“兰学塾”。面向本科生教育的10个学部是：文学部、经济学部、法学部（法律学科，政治学科）、商学部、医学部、理工学部、综合政策学部、环境信息学部、护理医疗部、药学部。
中国的2所大学：
