东南大学和南京航天航空大学不是一个档次，东南大学档次高。东南大学是教育部直属全国重点大学，国家985工程，双一流建设高校A类，南京航天航空大学是国家211工程大学，双一流学科建设高校，航天工业部直属全国重点大学，虽然档次比东南大学低，也是相对而言，也是很好的高校。
南京大学要比东南大学好。
南京大学和东南大学都是985的双一流大学，也是江苏省的两个985高校，都位于省会南京市。
南京大学是中国高校的C9成员之一，其地位排名非常高，这是东大不能比的，其计算机，生物类，物理类专业都是非常出名的。
东南大学，作为江苏省两个985大学之一，最为出名的就是土木工程类专业，当然其他的王牌专业也不少，但在全国的排名要远远落后南大。
所以说，南京大学要比东南大学更好。
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江苏地区的考生一般都不太喜欢出省，就算出省很多人毕业以后还会回到江苏，所以在这个前提下，作为顶尖的两所院校，东南大学和南京大学就很值得商榷了！
学校名气
这个我想应该没有疑问，不管是在江苏省内还是在全国范围，南京大学的名气都要高于东南大学，当然东南大学的工科很强，但是这还是没办法超过南京大学的老大位置，虽然南京大学这两年有点滑坡。
南京大学
南京大学闯荡江湖几十年，文理齐全，天赋异禀，虽然在近些年的名声有所下滑，但是排在第二档肯定没问题（第一档是清华、北大）
东南大学
东南大学比较低调，媒体曝光度不高，不过在教育部学科评估中，东南大学位居全国前五的学科数量有十个，位居全国第九，一流大学必须要一流学科做支撑，同时在2015年全国大学科学技术转让收入排名中，东大位居第三，服务社会科技事业实力很强悍。
两所在学校后期发展中，都试图补齐短板，但是结局肯定是不尽人意，南京大学的工学、艺术学依然不能和东大匹敌，当然东南大学的文学、理学也肯定无法和南大相提并论。
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全国排名差距不小，省内人眼里各有千秋，一般都称第一梯队，省内TOP2。
工科类自然东南口碑佳。
南大之前强在新闻物理，现在计算机也是国内领先。东南的工科领域涉及面更广，所以很多时候能覆盖更多人群口碑。
另外东南有不少分校/共建项目，也能获得一定品牌传播。
江苏人普遍自居，不过确实经济实力在。
记得以前很多选择外地学校的同学（如西交哈工），大部分都还是去了北上广，最终出现班上同学 北上广vs南京苏州的局面。
笔者曾供职南京某单位，两所大学毕业生均有，从普通群众口碑来看两所学校出来并无太大差异。
当然，在全国来看，南大领先东大一个段位，好无疑问。
都知道江苏出好大学 ，江苏的重点大学还真的不是一般的多 ，2所985 ，11所211大学，这让不少省份羡慕嫉妒恨。
在2017年教育部公布世界一流大学和一流学科（简称“双一流”）建设高校名单中，江苏进入“双一流”大学行列的高校就有15所，其中南京大学、东南大学两所高校双双入选世界“一流大学”建设高校，其它13所高校为世界“一流学科”建设高校。从中可以看出南京大学和东南大学在我国高校的地位。
但我个人觉得这两所学校是江苏的“双星”，旗鼓相当。公开的资料显示：这两所学校规模相同，年度经费预算都在55亿左右。同根同源的南京大学继承了国立中央大学的文学院和理学院，东南大学继承了国立中央大学的工学院和艺术学院。在中国大学的排名上，南大在5-10，东大在10-20。
具体到专业，南京大学文学与理学厉害 ，主要是经济管理、计算机，理科如数学、物理、化学、生物，文科如天文、考古、大气、图书馆情报、政治、经济、社会、中外语言文学、中外历史等；东南大学主要是工科和艺术类学科厉害，比如生物医学、交通、艺术、建筑、电子、景观、土木、规划、通信、仪器等。两所高校，各有各的特色。
虽然东南大学的工科很强，南京大学这两年也有点滑坡，但在国人眼里，南京大学的名气依然要高于东南大学。南京大学基本上是清华、北大、复旦、交大、浙大这一个级别的。在国际上排名上，同样由于南京大学在科学研究方面整体表现更佳，以更大的论文规模、更高的科研质量、更多的高被引论文和高被引学者，使得在与东南大学的比较中，处于优势地位。
东南大学和南京大学在江苏人眼里水平咋样？我不是很清楚，因为我不是当地人。这两所大学在中国乃至全世界教育界都应该是响当的存在。我认为北大清华＞复旦上交＞南大东南＞武大华科＞中山大华工大=南开大天大＞川大电科=西交西工。[赞]
室友江苏考生，根据他的说法，在南京认为两所学校同城双星，差别不大，可能是南京高考总分低，因此给人感觉两所学校旗鼓相当，但是其实两所学校在其他省份录取分数线相差是很大的，作为湖北理科考生，南京大学录取线比东南大学多四十多分，不是一个层级的学校。
两所大学同源同根，简单说南京大学是中央大学文理学院，东南大学（南京工学院）是中央大学工学院。两所大学都没有什么有分量的学校并入（东大并了不出名的南铁医，主要还是中大医院）。分家的时候东大（南京工学院）比南大规模大一些，所以留守祖产；但南大占并了金陵大学有所增强。东大被削弱还在于后来又分出去四所大学：河海、江苏、江南和南工业。这四所学校的特色专业（水利、农机、轻工食品、化学）也是全国最好的。52年以后的多次拆分造成曾经四大工学院之首的南工，系科不全、整体规模较小。另外，这十多年，文科的地位超越工科，不象八九十年代，东南考分高于南大。
其实，东南不用兼并其他学校，恢复52年的工科系科就不亚于南大了。
1902年，张之洞创办三江师范学堂，后经过若干次改名，然后又是学科分类，在南京衍伸出了众多的高校。
三江师范学堂——两江师范学堂——南京高等师范学校—— 国立东南大学—— 国立第四中山大学—— 国立江苏大学—— 国立中央大学—— 国立南京大学—— 南京大学。1952年，全国高校院系调整，南京大学调整出工学、农学、教育学等院系，组建了南京师范学院、 南京工学院、 南京农学院、南京林学院等学校。
1952年调整后的院校，看出来没有，都是从原来的三江师范或者说后来的国立中央大学衍伸出来的。后来，南京师范学院、 南京工学院、 南京农学院、南京林学院分别都改名为南京师范大学，东南大学，南京农业大学和南京林业大学。学院改大学之风，已经到了上世纪九十年代以后的事了，我参加高考的时候，这些大学还都叫学院，比如说东南大学当时就叫南京工学院。改成东南大学以后，好多外省人还以为这所学校在福建，以讹传讹。那些年改校名一窝风，仿佛将学院改成大学，学校就高了一等级。殊不知在国外大学和学院有严格的区分，并没有高下之别，著名的麻省理工学院，人家到现在也还是学院，并没有去改成大学。
传统的观念里，南京大学属于综合性大学，而东南大学偏向于理工类大学，至于哪个大学更好，这真的不太好评，总体来说在江苏省的录取分南大比东大要略高几分，但是，东大的一些工科院系专业录取分也是很高的，就业率也不错。感兴趣的人可以查一查每年的就业排名。但是，跟北上广的那些大学比起，南京的大学似乎普遍显得低调。
谢谢邀请，南京大学和东南大学应该是兄弟关系，民国时都是中央大学，后来分家了，南京大学带走了家谱(各种信件证明和官印)，东南大学留在老家守住一片家产，现在南大和东南都在争谁是中央大学的正子正孙，南大说我有官方印件证明我是正式中央大学继承人，东南说我一直就是中央大学，因为我一直没有离开家现在只是用了曾经的小(名(中央大学以前也叫东南大学)，至于其它什么河海南师南农之类学校只能算是出自中央大学，没有争的资格，论理科南大强，论工科东南强，总体实力南大略强于东南，两校虽然相互争辩，但也是惺惺相惜，撑起了江苏教育的大局面，祝愿两更好。
一句话，南京大学是中央大学文学院和理学院，东南大学是工学院。分家时两校大小相当。因为工学院设备最多，难以搬迁，故校园给了东大。档案印章南大带走。其时中大一共7个学院，其他都分了出去。
南京大学强一些吧，每年江苏高考录取分数线一清二楚。具体到专业也有千秋。这两学校历史悠久，起源相同，都是百年名校。都是双一流副部级，是江苏仅有的两所。在省内东南大学似乎并不买南大的账。在省外，全国来看南大更出名一些，毕竞是冠以“南京”的大学，与北京相对。总之只要你能上到这两大学，今后工作好找。名校嘛！
