上海复旦更好。
中国大学百强榜，复旦第四、上海交大第五。2020年软科中国最好大学排行榜，上交第四，复旦第六。
2021QS世界大学排名，复旦排名全球第三十四，上交排名全球第四十七。2021泰晤士高等教育世界大学排名，复旦排名全球第七十名、中国第三，上交排名全球第一百名、中国第六。
总体上来看，复旦大学在多数排行榜中的排名，要高于上海交大。从学科专业来看复旦和上交虽然都是综合性大学，但是复旦的文科和理科，相对比较强，而上海交大的工科更强一点。
这两所学校排名都很高，近几年交大的排名和受关注度要略高于复旦，但是按长时间的排名来看，还是复旦的排名要更高一些，当然两所院校都有很好的学科，擅长的领域也各有不同。
复旦大学在全国的排名是5。
排在复旦大学前1位的分别是：清华大学（综合排名：1）；排在后3位的分别是中国科学技术大学（综合排名：5）、南京大学（综合排名：6）、中国科学院大学（综合排名：7）。
2023复旦大学在全国大学排名中，位居第5位，排名紧随其后的有武汉大学、四川大学；复旦大学在综合类大学排名中，位居第2位；复旦大学在上海市所有大学排名中，位居第2位！
2023年复旦大学全国最新排名第6位，位列上海市内排名第1名。
复旦大学位列国家首批"双一流"（A类）、"985工程"、"211工程"重点建设高校，入选珠峰***、强基***、111***等。
排第三名
复旦大学拥有世界一流的办学声誉，全球声誉位于30~60位之间，排名国内第三。复旦大学一共有20个双一流学科，5个A+学科。因此，复旦大学长期成为中国大学第3名，和北大、清华并列中国大学前三甲梯队，是有着坚实的实力支撑的。
在国内排名第6位，世界排名141位。
学校前身是1905年创办的复旦公学，是中国最早由民间创办的高等学校之一。上海医科大学前身是1927年创办的国立第四中山大学医学院，是中国自主创办的国立高等医科院校。2000年，复旦大学与上海医科大学合并，组建新的复旦大学。2017年，学校入选“双一流”建设高校A类名单。
排行榜都不一样，主要排名如下：
1 科学论文质量的世界大学排名，复旦排名在世界第205位，国内位居第5；
2 西班牙公布的世界所有大学的全面排名中，复旦排名全球第348位，国内位居第8；
3 SIR世界排名中，复旦位居全球第98位，国内位居第8；
4 土耳其机构公布的大学排名中，复旦列全球第104位，国内排第5；
